Il toponimo Castrum Persiceta risale al periodo intorno al 727, allorchè i Longobardi, capeggiati da Liutprando, occuparono questo territorio dopo aver attraversato e sfondato la linea di difesa bizantina.
E' certo tuttavia che la zona fu abitata fin dall'epoca preistorica (ne fanno fede i reperti delle civiltà del bronzo e del ferro) e appaiono molto probabili insediamenti gallici sul territorio, mentre le tracce di centuriazione testimoniano l'occupazione romana.

Dell'epoca tardo-romana non abbiamo fonti storiche, ma è presumibile che il territorio persicetano sia stato attraversato da invasioni di barbari.
A quel tempo le terre erano incolte e paludose, e dove non c'era palude si estendeva il bosco. Fu in epoca bizantina che si cominciò l'opera di bonifica poi continuata dai frati benedettini sotto il governo di Nonantola. Il dominio dei Bizantini la cui presenza è confermata dalla toponomastica dei luoghi, dura fino all'occupazione dei Longobardi ai quali probabilmente si deve il vecchio nucleo ancor oggi detto "Borgo Rotondo" per la sua caratteristica forma.

"Caduto il regno longobardo (774), il distretto altomedievale di Persiceto (poi San Giovanni in Persiceto) appartenne a lungo al contado di Modena che si estendeva fino al Samoggia; sul territorio persicetano esercitò la propria supremazia l'Abbazia di Nonantola; ma si può ritenere che già nel IX secolo esso passasse al contado bolognese: infatti è probabile che verso la metà di quel secolo sorgesse la pieve di San Giovanni ad opera dei vescovi di Bologna.

Risalgono forse a quell'epoca le prime concessioni ai persicetani di vaste estensioni di terreni incolti e paludosi "ad meliorandum" da parte degli abati di Nonantola, terreni che costituiranno i beni della futura partecipanza agraria"

Nel XII secolo il Comuna di San Giovanni in Persiceto passò sotto il dominio di Bologna di cui seguì le sorti fino al definitivo assoggettamento allo Stato Pontificio all'inizio del secolo XVI.
Tra i secoli XIII e XIV Persiceto si ampliò e, oltre il Borgo Rotondo, sorsero altri borghi esterni con fosse, porte e palancati. "Ma a causa della ribellione dei Persicetani, fin dal secondo decennio del Quattrocento il maggior Consiglio di Bologna deliberò di distruggere i borghi esterni e i relativi palancati, di colmare le fosse e di abbattere tutte le costruzioni che potessero servire da fortilizio; i borghi furono distrutti solo nel 1481, durante la signoria di Giovanni II Bentivoglio, mentre negli anni successivi il castello fu munito di nuovi bastioni e terrapieni assumendo la forma rimasta poi fondamentalmente invariata per circa quattro secoli".

Tra i secoli XV e XVI la campagna prese grande impulso con la coltura della canapa, del gelso e del ris, ma spesso il territorio subì le scorrerie di eserciti stranieri con le conseguenti devastazioni dei raccolti e dei terreni. In quel periodo sorse la Partecipanza agraria che favorì l'economia rurale e un processo di impoverimento del centro urbano. Nei secoli seguenti, invece, si assistè ad un fenomeno di sviluppo edilizio soprattutto all'interno del castello.
"Scomparvero via via i numerosi broletti (piccoli orti) fra le case per far posto alle nuove costruzioni; allo stesso scopo furono distrutti anche edifici medievali, altri vennero irrimediabilmente modificati; furono costruiti conventi e chiese (tra le altre, demolita la vecchia pieve, fu costruita la collegiata); sulle fondamenta dell'antica rocca sorse l'Ospedale del SS. Salvatore (ora sede della Biblioteca comunale "G.C. Croce" e dell'Archivio storico); fu edificato il teatro comunale".

Durante il periodo napoleonico il territorio persicetano fu teatro di vari disordini fino a che l'invasione delle truppe austro-russe riportò l'ordine e la quiete apparente dell'antico regime. Nel 1815, caduto Napoleone, fu restaurato il governo pontificio e si eseguirono numerose opere edilizie che contribuirono a far ottenere a Persiceto il titolo di "città".

Anche dal territorio di San Giovanni partirono volontari per le guerre di indipendenza; ma quando il governo nazionale reintrodusse la tassa sul macinato, la città fu teatro di una ribellione ancora oggi ricordata come "al giòuran sèt" per la data in cui avvenne (7 gennaio 1869).

Verso la fine del secolo prese impulsol'industria, soprattutto di letti e mobili in ferro, e il 1874 vide sfilare i primi carri carnevaleschi, fatto sintomatico di un maggior benessere economico.

Negli ultimi cento anni la storia persicetana non si discosta da quella della Padania, caratterizzata dalle lotte agrarie prima e dall'ascesa del fascismo poi.
Durante la II guerra mondiale Persiceto fu teatro di azioni partigiane tanto da meritare la medaglia d'argento al valore della resistenza.
Gli anni cinquanta segnano il passaggio da un'economia prevalentemente agricola ad un'economia industriale e commerciale. Le campagne si spopolano e San Giovanni in Persiceto si avvia ad assumere la fisionomia attuale.

Le citazioni tra virgolette sono tratte da: M.Gandini, S. Giovanni in Persiceto, nell'opera a cura di C. Bianchi, Dal Santerno al Panaro, Bologna, 1987, I, pp. 335-348